สำหรับผู้เลี้ยงสัตว์น้ำจืดการระบาดของสาหร่ายเป็นสิ่งที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ ทำการเปลี่ยนน้ำเป็นประจำทดสอบสภาพน้ำและเคมีอย่างสม่ำเสมอและพิจารณาใช้สารกินสาหร่ายเพื่อป้องกันการแพร่ระบาดของสิ่งมีชีวิตอัตโนมัติที่น่ารำคาญเหล่านี้
สาหร่ายสีแดง
หรือที่เรียกว่าสาหร่ายแบล็กบรัชสาหร่ายสีแดงเจริญเติบโตได้ในตู้ปลาทั้งในสภาพน้ำที่เป็นกรดและด่าง สาหร่ายสีแดงส่วนใหญ่เติบโตบนพืชที่อยู่กับที่และกระจกตู้ปลาและมีความยาวได้ถึง 3 มิลลิเมตร กำจัดสาหร่ายสีแดงโดยการทิ้งใบพืชที่มันอาศัยอยู่และโดยการลงทุนในผู้กินสาหร่ายสยามซึ่งเป็นปลาชนิดเดียวที่รู้ว่ากินสาหร่ายแดง จุ่มพืชที่เติบโตเร็วสั้น ๆ ในน้ำยาฟอกขาวแล้วล้างออกให้สะอาดก่อนใส่ลงในตู้ปลา พืชที่ผ่านการบำบัดเหล่านี้มีความต้านทานต่อสาหร่ายสีแดงแม้ว่าจะไม่ผ่านการบำบัดก็ตาม
สาหร่ายสีน้ำตาล
โดยทั่วไปในพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำที่มีแสงน้อยและในตู้ปลาที่มีไนโตรเจนต่ำและสภาพน้ำฟอสเฟตสูงสาหร่ายสีน้ำตาลตอบสนองได้อย่างรวดเร็วต่อการจัดแสงที่สว่างจ้า สาหร่ายสีน้ำตาลหรือที่เรียกว่าไดอะตอมนั้นง่ายต่อการกำจัดด้วยตนเองเพียงแค่เช็ดโครงสร้างที่อ่อนแอและลื่นไหลอย่างฉาวโฉ่จากด้านข้างถังหรือของกระจุกกระจิกในถัง หาผู้กินสาหร่ายสยามปลาดุกโอโตะหรือหอยเชอรี่เพื่อดูแลสาหร่ายสีน้ำตาลและป้องกันการเจริญเติบโตในสภาพแสงน้อย
สาหร่ายบาน
หรือที่เรียกว่าน้ำเขียวสาหร่ายมักพบในพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำที่การเจริญเติบโตของสาหร่ายไม่ได้ตรวจสอบเป็นเวลาหนึ่งสัปดาห์หรือมากกว่านั้น สาหร่ายบานเต็มไปด้วยสาหร่ายสีเขียวเซลล์เดียวขนาดเล็กซึ่งแพร่พันธุ์อย่างรวดเร็วในน้ำจืด แสงธรรมชาติจำนวนมากไนเตรตสูงและระดับแอมโมเนียปานกลางถึงสูงช่วยเพิ่มสภาพน้ำที่เหมาะสำหรับการออกดอกของสาหร่าย สาหร่ายสีเขียวยังสร้างเยื่อบุที่เรียบเนียนที่ด้านในของตู้ปลา หมุนเวียนน้ำนิ่งและปรับสภาพน้ำให้เป็นกลาง สาหร่ายสีเขียวก็จะสลายไปในที่สุด
กระทู้สาหร่าย
สาหร่ายเกลียวยาวที่มีความยาวเกือบฟุตสามารถแยกแยะได้ง่ายด้วยเส้นยาวที่เคลื่อนที่ได้อย่างอิสระในกระแสน้ำของถัง แม้ว่าจะน่ารำคาญ แต่สาหร่ายเกลียวก็สามารถถอดออกได้ ใส่แปรงสีฟันที่สะอาดลงในน้ำในตู้ปลาจับสาหร่ายเกลียวสองสามเส้นในขนแปรงแล้วบิดแปรงสีฟันเพื่อกวาดส่วนที่เหลือ นักกินสาหร่ายสยามและกุ้งอามาโนะต่างกินสาหร่ายด้าย ลดระดับเหล็กและเก็บสัตว์น้ำเหล่านี้ไว้ในถังเพื่อป้องกันการแพร่ระบาดในอนาคต
